近年來，水利部在治水中堅持按自然規(guī)律辦事，在防止水對人的侵害的同時，特別注意防止人對水的侵害。在重視生活、生產(chǎn)用水的同時，注重生態(tài)用水。特別是通過調(diào)水改善河流、湖泊和濕地生態(tài)功能，做了很多工作。從2001年開始，連續(xù)組織了幾次規(guī)模比較大的調(diào)水工程，博斯騰湖向塔里木河輸水、引岳濟淀、黑河調(diào)水到居延海、珠江壓咸補淡應急調(diào)水等，為保護生態(tài)系統(tǒng)，促進人與自然和諧相處做了有益探索。正在實施的規(guī)模宏大的南水北調(diào)工程，將生態(tài)用水放在優(yōu)先考慮的位置，屆時將不僅有效緩解北方地區(qū)水資源短缺矛盾，還將對改善這一地區(qū)的生態(tài)系統(tǒng)產(chǎn)生巨大的作用，支撐這一地區(qū)的經(jīng)濟社會可持續(xù)發(fā)展。

2004年8月，水利部印發(fā)了《關于水生態(tài)系統(tǒng)保護與修復的若干意見》。明確指出水資源保護和水生態(tài)系統(tǒng)保護工程是水利基本建設工程的重要組成部分。2004年2月，水利部舉辦了全國水資源與水生態(tài)系統(tǒng)保護的培訓班。8月又舉辦了“水生態(tài)系統(tǒng)保護與修復”論文征集活動，全國百余名專家、學者和工程技術及專業(yè)工作者踴躍參加了“水生態(tài)系統(tǒng)保護與修復”論文征集活動。

各流域機構和地方對水生態(tài)系統(tǒng)的保護與修復工作也逐漸展開。首先是制定規(guī)劃，海河水利委員會制定了《海河流域生態(tài)與環(huán)境恢復水資源保障規(guī)劃》，科學制定了流域生態(tài)與環(huán)境恢復目標和生態(tài)與環(huán)境需水量，提出相應的生態(tài)修復水資源配置方案及工程措施，為切實當好河流生態(tài)代言人，保護和修復流域生態(tài)與環(huán)境提供了依據(jù)�！段錆h市水生態(tài)系統(tǒng)保護與修復規(guī)劃》通過審查，《桂林市水生態(tài)系統(tǒng)保護與修復規(guī)劃》提出的漓江大水系"六江四庫四湖一濕地"的整體生態(tài)修復規(guī)劃得到批準。

在制定規(guī)劃的同時，各流域機構和地方根據(jù)國家建設和地方的實際需求，從改善河流水質(zhì)和生態(tài)環(huán)境的角度出發(fā)，也開展了大量的科研和示范研究工作。北京市自1998年以來，先后治理了長河、昆玉河、清河、轉河等河道，在如何處理好城市防洪和改善生態(tài)環(huán)境之間的關系方面進行了有益的實踐和探索，積累了很多經(jīng)驗，總結出了“宜彎則彎、宜寬則寬、人水相親、和諧自然”等先進理念。浙江省啟動“萬里清水河道”工程，用10年左右的時間，全面開展以河道綜合整治為主的城鄉(xiāng)水環(huán)境建設。山東省在南四湖建設了較大規(guī)模的人工濕地示范工程，規(guī)劃建設面積3000畝，對改善南水北調(diào)東線工程調(diào)水水質(zhì)起到了很大作用。

但總的來說，在河流生態(tài)修復方面，目前國內(nèi)仍處于起步和技術探索階段，河流整治工作基本處于水質(zhì)改善和景觀建設階段。缺乏傳統(tǒng)水利、生態(tài)系統(tǒng)棲息地和景觀的有機結合。多數(shù)地方的河道整治，尤其對于中小型河流，其理念仍停留在渠道化、襯砌等已被許多發(fā)達國家舍棄的做法。近年來，一些經(jīng)濟發(fā)達的城市結合河道整治開展城市園林景觀建設，注重河流的美化綠化。但當前的傾向，一是注重園林景觀效果較多，重點放在河流岸邊的綠化，而對河流生態(tài)整體恢復考慮較少；二是發(fā)掘歷史人文景觀較多，建設了大量樓臺亭閣和仿古的建筑物，而對于發(fā)掘河流自然美學價值較少涉足。特別是繼續(xù)采用漿砌條石護岸和幾何規(guī)則斷面，使河流的渠道化進一步加劇。

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