由于抗生素生產(chǎn)廢水屬于難降解有機廢水，特別是殘留的抗生素對微生物的強烈抑制作用，可造成廢水處理過程復雜、成本高和效果不穩(wěn)定。因此在抗生素廢水的處理過程中，采用物理處理方法或作為后續(xù)生化處理的預處理方法以降低水中的懸浮物和減少廢水中的生物抑制性物質(zhì)。目前應用的物理處理方法主要包括混凝、沉淀、氣浮、吸附、反滲透和過濾等。

混凝法是在加入凝聚劑后通過攪拌使失去電荷的顆粒相互接觸而絮凝形成絮狀體，便于其沉淀或過濾而達到分離的目的。采用凝聚處理后，不僅能有效地降低污染物的濃度，而且廢水的生物降解性能也得到改善。在抗生素制藥工業(yè)廢水處理中常用的凝聚劑有：聚合硫酸鐵、氯化鐵、亞鐵鹽、聚合氯化硫酸鋁、聚合氯化鋁、聚合氯化硫酸鋁鐵、聚丙烯酰胺(PAM)等。

沉淀是利用重力沉淀分離將密度比水大的懸浮顆粒從水中分離或除去。

氣浮法是利用高度分散的微小氣泡作為載體吸附廢水中的污染物，使其視密度小于水而上浮，實現(xiàn)固液或液液分離的過程。通常包括充氣氣浮、溶氣氣浮、化學氣浮和電解氣浮等多種形式。

吸附法是指利用多孔性固體吸附廢水中某種或幾種污染物，以回收或去除污染物，從而使廢水得到凈化的方法。常用的吸附劑有活性炭、活性煤、腐殖酸類、吸附樹脂等。該方法投資小、工藝簡單、操作方便，易管理，較適宜對原有污水廠進行工藝改進。

反滲透法是利用半透膜將濃、稀溶液隔開，以壓力差作為推動力，施加超過溶液滲透壓的壓力，使其改變自然滲透方向，將濃溶液中的水壓滲到稀溶液一側(cè)，可實現(xiàn)廢水濃縮和凈化目的。

吹脫法當氨氮濃度大大超過微生物允許的濃度時，在采用生物處理過程中，微生物受到NH3-N的抑制作用，難以取得良好的處理效果。趕氨脫氮往往是廢水處理效果好壞的關(guān)鍵。在制藥工業(yè)廢水處理中，常用吹脫法來降低氨氮含量，如乙胺碘呋酮廢水的趕氨脫氮。

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