該水生植物凈化系統(tǒng)將污染湖水或河水引入現(xiàn)存的濕地塘或以創(chuàng)建的濕地塘中，通過水生植物對污染物的攔截作用、水生植物根系形成的微生物膜對有機質(zhì)的降解作用和植物本身對營養(yǎng)鹽的吸收作用而去除污染物，由于生長的挺水植物具良好的遮光作用，可有效抑制藻類的增殖，凈化后的水重新排回湖泊或河流。

該凈化系統(tǒng)最常用的水生植物是蘆葦，但當水較深，進水BOD較高時，茭草或香蒲就更合適，即使一開始沒有種植，若干年后這兩種植物也會替代蘆葦。由于種植與水質(zhì)條件相適應的植物可更好地吸收營養(yǎng)鹽，因而最好的方法是同時種植三種水生植物進行競爭。該系統(tǒng)還需建立進水、排水系統(tǒng)及攔水堤。進行設(shè)計時，盡量使水能自流進人凈化系統(tǒng)，不需用泵提升，以便降低運行與維持費用，挺水植物從葉片向根系輸氧、從根系向周圍水體及底泥泌氧以保護其組織。蘆葦、野生水稻、香蒲具有維持根系兼氧環(huán)境促進反硝化作用的能力。另一個簡單易行的污水處理方法是湖中湖凈化方法，但當進水BOD濃度高于50mg/L，即適合挺水植物生長時，采用濕地凈化方法往往比湖中湖凈化方法更為有效，且還可使溫室氣體的產(chǎn)生量受到限制。

垂直流濕地凈化方法能在提高氮磷污染物去除率的同時抑制溫室氣體的產(chǎn)生量。 該凈化系統(tǒng)中水位低于土壤表面，進水垂直滲人濕地土壤，土壤表面由于水/氣界面的存在形成好氧層，使產(chǎn)生的溫室氣體被還原。與表面流形式污水流過植物根系的情況相比，垂直流形式時，水流過土壤使其中的污染物被有效吸附，因而，垂直流形式比表面流具更高的去除率。但垂直流方法處理流量較小，流速比水平流低，且要求進水與出水存在一定的水位差，相應的安裝與運行費用都較高。