堆肥雖然歸類于好氧處理方法，但有機(jī)物在降解過程中絕大部分先是在厭氧狀態(tài)下進(jìn)行的。氧氣溶解到有大量微生物存在的液相中并參與反應(yīng)，這與廢水生化處理相比要慢得多。如果假定微生物富集在固相表面的水膜里，通過理論計(jì)算可以確定，水膜中有很大一部分是處于厭氧狀態(tài)的。

高分子有機(jī)物需先經(jīng)過水解后溶于水相。在生物氧化受制約（如溶氧量不夠或微生物濃度較低），或通風(fēng)量不適宜時(shí)，一些小分子中間產(chǎn)物會(huì)擴(kuò)散至氣相中，產(chǎn)生氣味污染。

臭氣的排放是由生物氧化中半反應(yīng)物（多在供氧不足的厭氧情況下生成）未被有效氧化就被不適宜的通風(fēng)帶出而引起的。在線檢測(cè)氧氣含量及自動(dòng)化控制是解決這一問題的最佳途徑。

堆肥堆同時(shí)發(fā)揮常規(guī)臭氣過濾設(shè)備的作用，因此不需要特殊的廠房和密閉的料倉(cāng)，不需要高投入的臭氣凈化裝置。